El colegio pertenece a la Fundación Benéfico docente “Dolores Mosquera”, creada por Doña Dolores Mosquera Vázquez en su testamento otorgado el día 6 de mayo de 1916.
Comenzó la actividad docente en el año 1928, a cargo de las religiosas Hijas de Jesús, a quien fue encomendada la Fundación. El 29 de septiembre de 1949 se autoriza el funcionamiento reglamentario como centro de entidad privada, por el Ministerio de Educación Nacional. El colegio es declarado centro subvencionado el 22 de marzo de 1952. Las hermanas jesuitinas estuvieron regentando el Colegio hasta 1957.
Después de varios trámites, se hicieron cargo del centro la Congregación de Misioneras de la Doctrina Cristiana, el 23 de septiembre de 1957. En 1971 es reconocido por Decreto como centro de Grado Elemental y cinco años más tarde declarado de “Interés social”. En el curso 1986-87, después de un estudio minucioso de sus obras y ante la escasez de vocaciones, Las Misioneras de la Doctrina Cristiana decidieron hacer un reajuste y dejar el Colegio a las Hijas de Mª Auxiliadora (Salesianas), que aceptaron la propuesta y el 7 de agosto de 1987 tomaron posesión del Colegio La Encarnación, pasando a ser ellas las Titulares del mismo.
Breve Historia de Dolores Mosquera Vázquez
Nació en Caldas de Reis a mediados del siglo XIX y falleció en el mismo lugar el 26 de noviembre de 1922. Fue hija de Frutos Mosquera y de Josefa Vázquez, emigrantes en las Américas. Su hermano fue Fermín Mosquera, un notable empresario de la villa de Caldas, que murió en 1921 y dejó en su testamento la creación de un colegio en la villa, el Colegio San Fermín, actualmente regentado por la congregación de los P. Somascos.
Dolores estuvo casada con Laureano Cortés y al fallecer él, pudo disponer libremente de sus bienes. Creó una fundación benéfico-docente particular dejando herederas de todos sus bienes, en testamento otorgado el 6 de mayo de 1916, a la Comunidad de las Religiosas Carmelitas de la Enseñanza o a las Religiosas Franciscanas con el objeto de fundar un colegio de enseñanza gratuita para las niñas pobres de la villa de Caldas de Reis. Destinó parte de su legado a la construcción del edificio que albergara la fundación-escuela en el que se establecieron en 1928 las religiosas docentes Hijas de Jesús, que en 1924 estaban albergadas en un local de alquiler de la villa.
De su testamento fueron designados como testamentarios: Manuel Castro Ballesteros, cura párroco de Santo Tomás, el presbítero de la cárcel, Ramón Vidal y el juez de Caldas de Reis. Designó también, en su testamento, para el patronazgo y para la elección de docentes para la enseñanza, al Señor Cardenal Arzobispo de Santiago y al Cabildo de Santiago de Compostela.
Esta fundación benéfico-docente particular dio como resultado el colegio denominado La Encarnación.
(Fuente: Domato Castro (1997:20); Gaceta de Madrid, núm 182 (1922:14 y Gaceta de Madrid, núm 226 (1922: 646-647)